У 2000 р. була створена Комплексна науково-дослідницька експедиція Заповідника. Науковим консультантом експедиції є член-кореспондент НАН України, доктор історичних наук, проф. В.Д. Баран. Безпосереднє керівництво та координацію роботи загонів здійснює заступник генерального директора з наукової роботи Заповідника C.О. Побуцький. До роботи в експедиційних загонах залучались науковці інституту археології НАН України, Прикарпатського університету, Львівського державного університету, Інституту українознавства ім. Крип'якевича, Івано-Франківського краєзнавчого музею.ї
Археологічний загін №1, яким керував кандидат історичних наук Т.Ткачук (Національний заповідник "Давній Галич"), проводив розкопки багатошарового поселення біля смт.Більшівці в урочищі Кути. Перший шар поселення належить культурі лінійно-стрічкової кераміки нотної фази. Калібровані радіовуглецеві дати вказують на кінець VI тис. до н.е. (отримані в лабораторії М.Ковалюха м.Київ). Другий шар поселення належить трипільській культурі (заліщицька група етапу В I-B II). За радіовуглецевим каліброваним датуванням - друга половина V тис. до н.е. Третій шар належить першій фазі шипинецької групи (середина етапу С I). Четвертий шар - другій фазі шипинецької групи (кінець етапу C I). П'ятий шар відноситься до кошиловецької групи (початок C II). До цього часу належить знайдений на поселенні ритуальний комплекс, який складається з двох ям. У першій ямі на дні було знайдено скелет пса в анатомічному порядку. Трохи вище знаходились три людські черепи без нижніх щелеп. У другій ямі знайдено скелет, який належав жінці близько 35 років. Ноги її були підігнуті, руки розташовані вздовж тулуба. Похована лежала обличчям та животом додолу. Біля її ніг знаходилась щелепа тварини. Поряд з лівим плечем знайдено 4 ікла кабана, мідний ніж і намистина. Шостий шар належить межановіцькій культурі (початок бронзової доби). Господарська яма цієї культури прорізала трипільську площадку. Основні результати роботи цього загону - наукова аргументація значного поширення на північний захід кошиловецької групи трипільської культури, отримання найраніших свідчень контактів цієї групи з культурою лійчастого посуду, виявлення вперше у регіоні кошиловецького поховання, яке входило до ритуального комплексу. Вперше в археології неоенеоліту Західної України поховання продатоване радіокарбонним аналізом.
Археологічний загін №2 (керівник - кандидат історичних наук Б.Томенчук, Прикарпатський університет) грунтовно дослідив систему оборонних споруд Крилоського городища, встановив три фази її будівництва. Під основним валом дитинця виявлено укріплення VI-VIIст. до н.е. (голіградська культура фракійського гальштату). На ділянках, що прилягають до Успенського собору, виявлено напівземлянкові житла Xст., сліди великих споруд XI-XII ст., не виявлених попередніми дослідниками. Результати роботи загону дозволяють по-новому трактувати окремі періоди виникнення міста.
Етнографічний загін (керівник Л.Михальчук, Національний заповідник "Давній Галич") в плані підготовки монографії "Опілля" проводив вивчення особливостей опільського діалекту, уточнення етнографічних меж території, планування сіл, характерних рис житлової та господарської забудови, інтер'єру, одягу, народних промислів. Простежено архаїчні архітектурні традиції стародавнього Галича у забудові Галичини кін.XIX-поч.XX ст.ст. У результаті досліджень виявлено елементи проникнення в опільську народну архітектуру впливів архітектури Покуття і, частково, Бойківщини (церкви, громадські споруди); зроблено висновок про правомірність виділення в опільському регіоні окремого підгірського етнографічно-архітектурного регіону.
Природоохоронний загін (керівник - М.Дмитрук, Національний заповідник "Давній Галич") вивчав флору та фауну історико-ландшафтних заповідних зон з метою вироблення рекомендацій по збереженню та відтворенню рідкісних і вимираючих видів. Було проведено облік зимуючих видів птахів у нижній течії р.Лімниця і навколишніх водоймах, зафіксовано появу на р.Дністер норвезького буревісника та білої чаплі, виявлено цікаві місця гніздувань горобиних на правому березі Дністра. В урочищах Стінка, Карпиця, Діброва виявлено рідкісні види рослин: вовчі ягоди, лілія лісова, антея. В урочищі св.Станіслав виявлено рідкісний для Придністров'я вид папороті - багатоніжник звичайний.